TLM.umsida.ac.id – Kunyit (Curcuma longa L.) dikenal sebagai salah satu tanaman herbal yang kaya akan senyawa bioaktif dengan berbagai manfaat kesehatan. Salah satu manfaat potensial kunyit yang sedang diteliti adalah kemampuannya dalam menghambat penempelan virus SARS-CoV-2, khususnya varian Delta dan Omicron, ke reseptor ACE2 di tubuh manusia. Dalam penelitian terbaru yang dilakukan oleh Miftahul Mushlih dan tim dari Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, kemampuan senyawa bioaktif kunyit ini dianalisis menggunakan metode in silico. Artikel ini mengulas hasil penelitian tersebut dengan fokus pada tips dan trik dalam mengembangkan penelitian berbasis metode in silico, serta pemahaman lebih lanjut mengenai potensi kunyit sebagai agen anti-Covid-19.
Covid-19 merupakan salah satu pandemi terbesar abad ke-21, dengan lebih dari 554 juta kasus di seluruh dunia. Varian Delta dan Omicron dari virus SARS-CoV-2 dikenal memiliki tingkat penularan yang sangat tinggi, membuat penemuan metode pencegahan dan pengobatan menjadi sangat penting. Obat herbal, seperti kunyit, telah digunakan oleh masyarakat luas karena sifatnya yang mudah didapatkan, murah, dan terbukti efektif dalam mengatasi berbagai penyakit.
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis senyawa bioaktif dalam kunyit yang berpotensi menghambat penempelan virus SARS-CoV-2 ke reseptor ACE2, yang menjadi pintu masuk virus ke dalam sel tubuh manusia. Penelitian dilakukan menggunakan metode in silico, yaitu simulasi komputer untuk memprediksi interaksi molekuler.
Baca juga: Keunggulan Bioaktif Kunyit dalam Menghambat Varian Delta dan Omicron COVID-19
Persiapan Komponen Bioaktif
Penelitian dimulai dengan identifikasi senyawa bioaktif dalam kunyit dari basis data molekuler Knapsack Family. Senyawa-senyawa ini kemudian dianalisis menggunakan SwissADME untuk menilai sifat-sifat farmakokinetiknya, seperti lipofilisitas, ukuran molekul, polaritas, kelarutan, dan fleksibilitas. Proses ini memastikan bahwa senyawa yang dipilih memenuhi kriteria untuk dikonsumsi secara efektif oleh tubuh manusia.
Persiapan Protein
Struktur protein virus SARS-CoV-2, termasuk varian Delta dan Omicron, diunduh dari Protein Data Bank (PDB) untuk analisis lebih lanjut. Reseptor ACE2 dan domain pengikatan reseptor (RBD) dari virus dipisahkan dan disiapkan untuk proses docking dengan senyawa bioaktif kunyit.
Docking Molekul
Docking adalah proses simulasi komputer yang menilai bagaimana senyawa bioaktif kunyit berinteraksi dengan RBD virus dan reseptor ACE2. Proses ini bertujuan untuk menemukan senyawa yang mampu mengganggu penempelan virus pada sel tubuh manusia. Energi ikatan yang dihasilkan dari proses docking menjadi indikator seberapa kuat interaksi antara senyawa dan protein target.
Setelah docking selesai, hasilnya dianalisis dengan melihat nilai energi ikatan dan perubahan konformasi dari interaksi antara RBD dan ACE2. Semakin rendah nilai energi ikatan, semakin kuat kemampuan senyawa tersebut dalam menghambat penempelan virus.
Penelitian ini berhasil mengidentifikasi 22 senyawa bioaktif dalam kunyit yang memiliki potensi untuk menghambat penempelan virus SARS-CoV-2 pada reseptor ACE2. Di antara varian virus yang diuji (Wuhan, Delta, dan Omicron), varian Omicron menunjukkan energi ikatan terendah, yaitu -1282,4 kcal/mol, dibandingkan dengan varian Delta (-1237,7 kcal/mol) dan Wuhan (-1224,8 kcal/mol). Hal ini menunjukkan bahwa varian Omicron memiliki potensi transmisi yang lebih tinggi.
Senyawa-senyawa bioaktif seperti 2-undekanon, 8-cedren-13-ol, bisacumol, alpha-bisabolol, dan asam tauroursodeoksikolat menunjukkan kemampuan yang baik dalam menghambat penempelan RBD-ACE2. Penelitian ini juga menunjukkan bahwa senyawa bioaktif kunyit mampu mengubah konformasi penempelan virus pada reseptor, sehingga mengurangi peluang virus untuk masuk ke dalam sel manusia.
Tips dan Trik dalam Riset Berbasis In Silico
Berdasarkan penelitian ini, berikut adalah beberapa tips dan trik yang dapat diterapkan dalam riset berbasis in silico:
- Pilih Senyawa dengan Potensi Farmakokinetik yang Baik
Sebelum memulai analisis docking, pastikan senyawa yang dipilih memenuhi kriteria farmakokinetik yang baik, seperti lipofilisitas, ukuran molekul, dan kelarutan. SwissADME merupakan alat yang sangat berguna untuk menilai sifat-sifat ini dan memastikan bahwa senyawa yang dipilih memiliki potensi sebagai obat yang efektif.
- Gunakan Basis Data Molekuler yang Terpercaya
Basis data seperti Knapsack Family menyediakan informasi lengkap mengenai senyawa bioaktif dalam berbagai tanaman herbal. Penggunaan basis data yang terpercaya akan memudahkan proses seleksi senyawa dan memastikan hasil penelitian yang valid.
- Docking yang Akurat
Docking adalah kunci dalam metode in silico. Gunakan perangkat lunak yang tepat seperti Hex 8.0 untuk mendapatkan hasil docking yang akurat. Proses docking harus dilakukan dengan hati-hati untuk memastikan bahwa senyawa bioaktif benar-benar berinteraksi dengan situs aktif RBD-ACE2.
- Analisis Visualisasi Molekuler
Setelah docking, lakukan analisis visualisasi untuk memahami bagaimana senyawa berinteraksi dengan protein target. Program seperti PyMol dapat digunakan untuk melihat perubahan konformasi yang terjadi selama interaksi.
- Validasi In Vitro dan In Vivo
Meskipun metode in silico memberikan prediksi yang kuat, hasil ini perlu divalidasi dengan uji laboratorium in vitro dan in vivo untuk memastikan efektivitas senyawa bioaktif dalam kondisi nyata. Penelitian in silico ini menunjukkan bahwa senyawa bioaktif dalam kunyit, khususnya 2-undekanon dan asam tauroursodeoksikolat, memiliki potensi besar dalam menghambat penempelan virus SARS-CoV-2, terutama varian Omicron, pada reseptor ACE2. Dengan semakin tingginya minat terhadap pengobatan herbal, kunyit dapat menjadi salah satu solusi potensial dalam melawan Covid-19. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk memvalidasi temuan ini melalui uji in vitro dan in vivo, namun hasil awal ini memberikan harapan baru dalam pengembangan obat herbal anti-Covid-19.
Sumber: Andika Aliviameita Perbedaan kemampuan senyawa bioaktif kunyit (Curcuma longa L.) dalam menghambat penempelan RBD-ACE2 pada varianSars Cov 2 delta dan omikron menggunakan metode in silico
Penulis: Ayunda H
